Свою історію академія датує з травня 1995 року. В цьому ж році діяльність розпочали її регіональні підрозділи у Дніпропетровську, Львові, Одесі, Харкові, які в 2001 році отримали статус регіональних інститутів.

На сьогодні Національна академія - головний вищий навчальний заклад IV рівня акредитації у системі підготовки, перепідготовки та підвищення кваліфікації державних службовців та осіб місцевого самоврядування.

Упродовж існування академія досягла значних успіхів у становленні та розвитку освітньої та науково-дослідної роботи. Загалом контингент тих, хто здобуває у закладі фахову підготовку з опануванням освітньо-кваліфікаційного рівня або наукового ступеня, станом на 1 січня 2010 року становить понад 6,2 тис. слухачів, аспірантів, докторантів та здобувачів; майже 2,3 тис. студентів отримують в регіональних інститутах спеціальності, професійно орієнтовані на державну службу та службу в органах місцевого самоврядування; щороку підвищують кваліфікацію 15 тис. управлінців.

За 15 років своєї діяльності академія здобула високий авторитет в системі вищих органів державної влади України, утвердила свою лідерську роль у розвитку теорії і методології державного управління, досягла значних позитивних результатів у виконанні головного завдання - готувати високопрофесійні кадри для державного управління та місцевого самоврядування, прискорити формування державно-управлінської і політичної еліти.

Серед випускників Національної академії державного управління при Президентові України 42 народних депутати України, з них 23 народних депутати України VI скликання, 3 міністри, 5 заступників міністрів, 5 голів та заступників в Державних комітетах України, 18 заступників голів облдержадміністрацій, 3 заступники Голови Ради міністрів Автономної Республіки Крим, 5 міністрів, 14 заступників, 3 голови та 8 заступників голів комітетів Автономної Республіки Крим.

Сьогодні випускники академії репрезентують нову генерацію фахівців державного управління. Сучасні знання та вміння, отримані під час навчання, є необхідними для утвердження реальної демократії, соціальної справедливості, забезпечення прав і свобод людини, сталого розвитку на основі світових та європейських стандартів.